安全的饮用水水源，是安全饮用水的基础条件。水污染防治法新增了对饮用水水源污染风险进行调查评估的要求。以往的做法多是出了饮用水安全问题后，再对水源进行调查与整改。修改后的水污染防治法则要求主动、提前、全面开展调查评估。饮用水水源污染风险调查评估有几个问题要注意：解决对违法建设和违法排放的执法难问题；落实对饮用水水源强化管理后提出的一些新要求，例如，区域规划的调整、水源保护区内新确定为污染源的迁出等；与应对水源突发污染相结合，调查确定上游水源突发污染的风险污染物清单，预先制定应急处置措施；形成与完善水源保护的长效监管机制和多部门协同机制。
水污染防治法要求，地方可根据经济和技术条件，制定重要江河、湖泊的水环境质量标准。但在具体实施中，大部分地方并未因地制宜制定流域性水环境质量标准。专家学者认为，制定水环境标准是治理水污染的重要手段。
水污染后，通过饮水或食物链，污染物进入人体，使人急性或慢性中毒。砷、铬、铵类、笨并(a)芘等，还可诱发癌症。被寄生虫、病毒或其它致病菌污染的水，会引起多种传染病和寄生虫病。重金属污染的水，对人的健康均有危害。被镉污染的水、食物，人饮食后，会造成肾、骨骼病变，摄入硫酸镉20毫克，就会造成死亡。铅造成的中毒，引起贫血，神经错乱。六价铬有很大毒性，引起皮肤溃疡，还有致癌作用。饮用含砷的水，会发生急性或慢性中毒。砷使许多酶受到抑制或失去活性，造成机体代谢障碍，皮肤角质化，引发皮肤癌。有机磷农药会造成神经中毒，有机氯农药会在脂肪中蓄积，对人和动物的内分泌、免疫功能、生殖机能均造成危害。稠环芳烃多数具有致癌作用。氰化物也是剧毒物质，进入血液后，与细胞的色素氧化酶结合，使呼吸中断，造成呼吸衰竭窒息死亡。世界上80%的疾病与水有关。伤寒、霍乱、胃肠炎、痢疾、传染性肝类是人类五大疾病，均由水的不洁引起。
水污染本质上是一个河流水系的污染，它不仅意味着江河湖泊水库的水体污染，也包括流域污染、河岸及附近水域地域污染、江河湖泊水库的底泥污染等。流域污染不仅有工业、城市的点源污染，而且还包括更难治理的农业、乡村的面源污染，而所有这些污染都意味着土地、土壤污染。流域土壤污染、河岸地域污染和水体底泥污染往往难以治理，甚至不可逆。对于那些已经深度污染的土地来说，即使停用化肥、杀虫剂、除草剂和激素，在很长时间内，土壤毒素仍然会被农作物吸收，例如茶叶有可能20年内仍不达标。
对于广大流域来说，面源污染是长期持续并且停不下来的(如今非绿色生态的种植模式，靠激素抗生素维持的养殖业、渔业等难以大规模转型)，它会累积、加深土壤污染，恶化整个流域的水系环境。这里的严酷现实是，在“人口高位运行”(即我国人口在10亿至14亿之间运行)条件下，即使控制住工业、城市点源污染，但整个环境恶化也会持续加深。如果工业、城市的点源污染不能有效控制，那整个流域水系的水环境就会加速恶化。因此，在水污染治理方面，轻言“好转”“改善”，风险很大，更不用说以“明显改善”或“总体改善”为目标了。
因此，随着我国经济和城市发展脚步的加快，水污染也会随之加剧，居民能否喝到健康的饮用水需要引起社会各界的关注，解决水污染问题迫在眉睫。现阶段我国的专家及学者已经开始研究有效的解决办法，相信在不久的将来，我国的水污染情况会适当的减轻，居民也不用再为饮用水安全问题担忧。
